Si crede che la ragione principale per la quale SNK abbia sviluppato Metal Slug X, sia quella che Metal Slug 2 abbia gravi problemi di rallentamento durante i livelli di gioco. Questo problema in effetti non si ripresenta in Metal Slug X.
Ci sono comunque numerose differenze e novità rispetto a Metal Slug 2. Gli ambienti di gioco sono gli stessi, sebbene sia spesso cambiata l'ora del giorno (ad esempio il primo livello è ambientato di notte anziché di giorno), ma quasi tutto ciò che si incontra, ovvero nemici comuni, bonus, armi, veicoli, è parzialmente o totalmente rinnovato.