La trama segue le vicende di Solid Snake, un agente segreto che deve infiltrarsi in una remota struttura insulare per lo stoccaggio di armi nucleari, con l'obiettivo di neutralizzare la minaccia terroristica rappresentata da FOXHOUND, un'unità disertrice delle forze speciali americane. Snake deve affrontare i terroristi e impedire loro di lanciare un attacco nucleare con una nuova terrificante arma segreta.
Il giocatore, che impersona Snake, è portato a proseguire nell'avventura evitando di farsi scoprire dalle numerose guardie nemiche, utilizzando diverse tattiche e dispositivi per raggiungere questo obiettivo. L'utilizzo delle armi letali e gli scontri a fuoco, sono pertanto scoraggiati poiché porterebbero molto probabilmente la partita al game over.
