La storia di Dino Crisis si svolge nel 2009, su un'isola remota conosciuta come "Ibis Island". L'ente militare "Secret Operation Raid Team" - S.O.R.T. - ha inviato un agente, Tom, per indagare su di una struttura di ricerca presente su Ibis. Durante la missione di ricognizione, Tom apprende che il dottor Edward Kirk, uno scienziato di fama mondiale creduto morto nel 2006, sta conducendo pericolosi esperimenti segreti all'interno della struttura. Il S.O.R.T. invia gli agenti Regina, Gail e Rick per recuperare Kirk e metterlo agli arresti. La squadra arriva sull'isola durante la notte, atterrando tramite paracadute.