Dopo che le 42 gemme raccolte da Crash in Crash Bandicoot 2: Cortex Strikes Back sono state usate da N. Brio per distruggere il Cortex Vortex, grandi pezzi della stazione spaziale di Neo Cortex precipitano sulla terra e uno di essi distrugge un antico monumento. Si tratta della prigione dove è rinchiuso Uka Uka, fratello malvagio di Aku Aku, liberato dopo che secoli prima lo stesso fratello l'aveva rinchiuso per proteggere il mondo dalla sua malvagità.
Il potente stregone salva Neo Cortex dalle profondità dello spazio, e seppur furibondo a causa dei fallimenti di Cortex (che si rivela essere sempre stato agli ordini di Uka Uka) decide di dare un'altra possibilità allo scienziato poiché quest'ultimo lo ha indirettamente liberato dalla sua prigionia. Lo stregone presenta, quindi, il Dottor Nefarious Tropy, un brillante signore del tempo e creatore del "Tornado del Tempo": grazie ad esso potrebbero recuperare i Cristalli del Potere, ormai sparsi nell'universo, nelle loro epoche d'origine e ricavarne così il massimo potere.