Crash è appena fuggito dal dirigibile del dottor Neo Cortex con la sua ragazza Tawna, salvandola dalle grinfie del malvagio scienziato. Cortex, precipitato dal suo dirigibile, si schianta su un'isola (sopravvivendo) e scopre una caverna buia contenente un lungo cristallo appuntito di colore viola. Convinto che quel cristallo possa avere un immenso potere, Cortex lo prende e torna al suo laboratorio per effettuare l'esame. Dopo un anno di ricerche assieme al suo nuovo braccio destro, N. Gin, costruisce un nuovo Cortex Vortex, macchina utilizzata nel gioco precedente da Cortex per controllare i suoi servi, stavolta integrato in una grande stazione spaziale, con l'intento di ridurre in schiavitù l'intera umanità. Purtroppo i due scoprono che il gran cristallo da solo non basta ad alimentare la macchina, ma servono gli altri 25 sparsi sul pianeta. A causa del tradimento di Nitrus Brio, il suo vecchio braccio destro, Cortex non ha più amici su cui fare affidamento, per cui l'unico modo che ha per recuperare i cristalli è farsi aiutare da un nemico: Crash.