Il malvagio dottor Neo Cortex, assieme al suo braccio destro, il dottor Nitrus Brio, ambisce a conquistare il mondo. Per farlo, i due, intenzionati a formare un potentissimo esercito di mutanti, costruiscono l'Evolvo Ray: un macchinario in grado di rendere gli animali simili agli esseri umani. Nel tentativo di creare il generale per i suoi "Cortex Commandos", il Dr. Cortex sottopone agli esperimenti un bandicoot, denominato Crash. Subito dopo ordina a N. Brio di azionare il Cortex Vortex, dispositivo per il lavaggio mentale, nonostante l'assistente cerchi di persuadere il dottore sul fatto che la macchina sia ancora un prototipo. Guarda caso il macchinario si rivela inefficace su Crash, che si dà alla fuga. Cortex cerca invano di catturarlo, dato che il marsupiale riesce a fuggire dal castello sfondando la vetrata della finestra; la sua ragazza Tawna (altro esperimento del folle scienziato), viene però fatta prigioniera.
